O Centro disporá de três instâncias de gestão com o intuito de envolver as instituições sede e parceiras, especialistas em diversas áreas e, sobretudo, representantes dos povos indígenas:
- Comitê Gestor: será responsável pela gestão e coordenação das atividades.
- Conselho Consultivo: fará o aconselhamento e o acompanhamento das atividades, no sentido de manter a dimensão reflexiva e o espírito crítico sobre os desafios e soluções envolvidas nas ações propostas.
- Comitê de Ética: deverá zelar pelas práticas éticas e respeitosas e fazer o acompanhamento das atividades, especialmente no que diz respeito aos trabalhos de pesquisa de campo, de documentação e de consolidação das coleções indígenas.
